В чём заключается разница между методами start() и run()?

Несмотря на то, что start() вызывает метод run() внутри себя, это не то же самое, что просто вызов run(). Если run() вызывается как обычный метод, то он вызывается в том же потоке и никакой новый поток не запускается, как это происходит, в случае, когда вы вызываете метод start().